期刊简介
本刊隶属于中华预防医学会系列杂志。 “以防为主(三级预防)，防治并举”为本杂志的办刊宗旨。主要栏目有流行病学与预防医学、基础研究、临床研究、综述与讲座、技术革新与经验交流、论著摘要与病案报道、域外肿瘤研究信息转载、简讯等。为活跃学术气氛，增加著、读、编者间的交流，本刊还将不定期的设置“学术争鸣”栏目。本刊以从事肿瘤基础研究与临床工作者以及大专院校师生为主要读者对象。
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首页>中华肿瘤防治杂志
- 杂志名称：中华肿瘤防治杂志
- 主管单位：齐鲁肿瘤杂志；肿瘤防治杂志；当代肿瘤学杂志
- 主办单位：国家卫生和计划生育委员会
- 国际刊号：11-5456/R
- 国内刊号：11-5456/R
- 出版周期：半月刊
期刊荣誉：中国期刊方阵来源刊 ASPT来源刊 中国期刊网来源刊期刊收录：剑桥科学文摘, 上海图书馆馆藏, 国家图书馆馆藏, 医学文摘, 北大核心期刊(中国人文社会科学核心期刊), 统计源核心期刊(中国科技论文核心期刊), 万方收录(中), 哥白尼索引(波兰), 文摘与引文数据库, 知网收录(中), ASPT来源刊, CA 化学文摘(美), 维普收录(中)
基于转录调控网络预测肺鳞癌风险通路
袁林栋；赵培革；贾晓东；刘姝梅；张新；陈娟；杨大伟；俞博；王凤强；孙立红；王焱；赵宁宁
关键词：肺鳞癌, 转录调控网络, 广度优先算法, 风险通路, 治疗药物
摘要：目的 肺鳞癌又称肺鳞状细胞癌,是发病率和致死率非常高的一种恶性肿瘤.肺鳞癌的病因尚不明确,本研究结合肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)肺鳞癌样本转录组数据,构建转录调控网络,采用广度优先搜索算法,识别肺鳞癌风险通路,探究肺鳞癌的发病机制.方法 整合8个公共数据库资源,得到转录因子(transcription fac-tor,TF)、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、微小RNA(microRNA,miRNA)和基因(Gene)候选调控关系数据.然后从TCGA数据库下载肺鳞癌样本TF、lncRNA、miRNA和Gene的表达谱数据,计算候选调控关系的斯皮尔曼相关系数,构建肺鳞癌相关的转录调控网络.采用广度优先搜索算法,以每个入度为0的点作为起始节点,识别调控网络中的级联调控通路.同时,从疾病数据库中下载肺癌相关的TF、lncRNA、miRNA和Gene,对得到的级联调控链进行疾病注释,疾病注释率高的调控链被认为是肺鳞癌风险通路.结果 整合8个数据库候选调控关系,包括TF对ln-cRNA、miRNA、Gene调控,lncRNA对TF、Gene调控以及miRNA对TF、lncRNA、Gene调控,共得到21597对调控关系.结合TCGA中肺鳞癌样本的表达数据,在P<0.01的阈值下,终得到肺鳞癌相关转录调控网络,包含2234对调控关系,由91个TF、552个lncRNA、125个miRNA和937个Gene构成.采用广度优先搜索算法,共得到了10941个调控级联链.经过疾病信息注释后,得到36条肺鳞癌注释率为1的肺鳞癌风险通路.后,结合识别的风险通路和小分子药物与miRNA关系数据库,得到9种治疗肺鳞癌的候选药物.结论 通过构建肺鳞癌相关转录调控网络,采用广度优先算法,可以识别肺鳞癌风险通路,为解释肺鳞癌的发病机制和预测治疗药物提供帮助.
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