期刊简介
本刊隶属于中华预防医学会系列杂志。 “以防为主(三级预防)，防治并举”为本杂志的办刊宗旨。主要栏目有流行病学与预防医学、基础研究、临床研究、综述与讲座、技术革新与经验交流、论著摘要与病案报道、域外肿瘤研究信息转载、简讯等。为活跃学术气氛，增加著、读、编者间的交流，本刊还将不定期的设置“学术争鸣”栏目。本刊以从事肿瘤基础研究与临床工作者以及大专院校师生为主要读者对象。
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首页>中华肿瘤防治杂志
- 杂志名称：中华肿瘤防治杂志
- 主管单位：齐鲁肿瘤杂志；肿瘤防治杂志；当代肿瘤学杂志
- 主办单位：国家卫生和计划生育委员会
- 国际刊号：11-5456/R
- 国内刊号：11-5456/R
- 出版周期：半月刊
期刊荣誉：中国期刊方阵来源刊 ASPT来源刊 中国期刊网来源刊期刊收录：剑桥科学文摘, 上海图书馆馆藏, 国家图书馆馆藏, 医学文摘, 北大核心期刊(中国人文社会科学核心期刊), 统计源核心期刊(中国科技论文核心期刊), 万方收录(中), 哥白尼索引(波兰), 文摘与引文数据库, 知网收录(中), ASPT来源刊, CA 化学文摘(美), 维普收录(中)
基于TCGA甲状腺癌竞争性内源性RNA网络构建与分析
何东生；汪多平；段绪伟；许坚；曾先捷
关键词：甲状腺癌, TCGA数据库, 竞争性内源性RNA, lncRNA-miRNA-mRNA
摘要：目的 识别甲状腺癌(thyroid cancer,TC)相关差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、微小RNA(microRNA,miRNA)和信使RNA(messenger RNA,mRNA),构建基因间调控网络,探讨TC发病机制,筛选潜在的治疗靶点.方法 下载癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中510例TC样本和58例正常甲状腺样本的RNA测序(RNA sequencing,RNA-Seq)数据、59例正常甲状腺样本和514例TC样本的miRNA-seq数据以及507例TC患者的临床信息(时间截止为2018-02-17)进行分析,筛选出差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA.通过miRcode、TargetScan、miRTarBase和miRDB 4个数据库对差异表达的RNA之间的关系进行分析,构建出TC的竞争性内源性RNA (competitive endogenous RNA,ceRNA)网络.采用Kaplan-Meier法分析TCceRNA网络中的lncRNA、miRNA和mRNA表达量与患者生存预后的关系,采用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)对TCceRNA网络中mRNA的基因功能和调控通路进行预测,并根据患者的临床信息,分析ceRNA网络中唯一一个同时被2个miRNA调控的mRNA TMEM100与TC临床病理学特征之间的相关性.结果 在TC中异常表达的492个lncRNA、72个miRNA和1 097个mRNA中,分别有31个lncRNA、11个miRNA和12个mRNA参与构建TC的ceRNA网络.其中lncRNA OPCM-LT1 (P=0.005)和MIR181A2HG (P=0.011)以及miRNA has-mir-184 (P=0.014)、mRNA SALL3 (P=0.043)和E2F1 (P=0.007)均与TC患者的生存预后显著相关.12个mRNA主要被富集到7个基因功能和19个通路上,P＜0.05;其中mRNA TMEM100表达水平与原发肿瘤累及范围(x2=9.855,P=0.02)及淋巴结转移(x2 =25.965,P＜0.001)均显著相关.结论 成功构建TC相关lncRNA-miRNA-mRNA网络,并识别出潜在的治疗靶点,为后续深入研究TC发病机制提供参考依据.
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