期刊简介
本刊隶属于中华预防医学会系列杂志。 “以防为主(三级预防)，防治并举”为本杂志的办刊宗旨。主要栏目有流行病学与预防医学、基础研究、临床研究、综述与讲座、技术革新与经验交流、论著摘要与病案报道、域外肿瘤研究信息转载、简讯等。为活跃学术气氛，增加著、读、编者间的交流，本刊还将不定期的设置“学术争鸣”栏目。本刊以从事肿瘤基础研究与临床工作者以及大专院校师生为主要读者对象。
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首页>中华肿瘤防治杂志
- 杂志名称：中华肿瘤防治杂志
- 主管单位：齐鲁肿瘤杂志；肿瘤防治杂志；当代肿瘤学杂志
- 主办单位：国家卫生和计划生育委员会
- 国际刊号：11-5456/R
- 国内刊号：11-5456/R
- 出版周期：半月刊
期刊荣誉：中国期刊方阵来源刊 ASPT来源刊 中国期刊网来源刊期刊收录：剑桥科学文摘, 上海图书馆馆藏, 国家图书馆馆藏, 医学文摘, 北大核心期刊(中国人文社会科学核心期刊), 统计源核心期刊(中国科技论文核心期刊), 万方收录(中), 哥白尼索引(波兰), 文摘与引文数据库, 知网收录(中), ASPT来源刊, CA 化学文摘(美), 维普收录(中)
乳腺癌相关lncRNA-miRNA-mRNA共表达 及关键基因网络构建预测
侯敏；蒋琳；詹红梅；皈燕；赵妍丽；马代远；谭榜宪
关键词：乳腺癌, 共表达网络, 关键基因, lncRNA-miRNA-mRNA
摘要：目的 潜在治疗靶点的筛选鉴定是肿瘤研究的关键.本研究利用癌症和肿瘤基因图谱计划(The Cancer Ge-nome Atlas,TCGA)中RNA-Seq数据构建乳腺癌相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)-微小RNA(mi-croRNA,miRNA)-mRNA共表达网络,并筛选验证其中的关键基因.方法 对TCGA中1213例乳腺样本RNA-Seq数据及临床资料进行整理.提取其中113例乳腺癌及癌旁配对样本分析其中lncRNA、miRNA及mRNA的表达差异.利用WGCNA计算上述差异基因在1100例乳腺癌样本中表达的相关性并构建共表达网络.通过排列网络中基因与基因连接的数量关系分别筛选出关键的lncRNA、miRNA及mRNA,并利用本地标本库乳腺癌样本对关键基因在癌和癌旁的表达进行验证.后,结合TCGA的临床资料采用Kaplan-Meier分析不同表达患者的生存率差异.结果 在113例配对乳腺癌及癌旁样本中共发现4582个差异基因,其中3514个表达上调,1068个表达下调.对上述差异基因的聚类分析可以有效地区分肿瘤与正常组织.构建的共表达网络包括739个节点及17375个连接,其中lncRNA 65个,miR-NA 3个,mRNA 671个,占整个差异表达基因的16.1％.网络中的关键基因CDK1(P<0.001)、RP11-214F16.8(P=0.048)和MIR27A(P=0.027)在肿瘤组织中的表达均高于正常癌旁组织.低表达RP11-214F16.8、MIR27A患者总体生存显著好于高表达患者,均P值<0.001;CDK1的表达与预后有一定程度的关联,但尚未达到有统计学意义的水平,P=0.061.结论 乳腺癌相关lncRNA-miRNA-mRNA共表达网络为后续更深入研究乳腺癌关键基因及基因间的调控关系提供了参考和方向.通过共表达网络筛选关键基因是一种兼具高效性和生物学意义的方法.
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